|
شناسایی بیوانفورماتیکی شبکه تنظیمی mRNA-miRNA دخیل در تهاجم سرطان ریه
|
خلیل خاشعی ورنامخواستی1    ، مهدی مغنی باشی2 ، سیروس نعیمی1 |
1- گروه ژنتیک، واحد کازرون، دانشگاه آزاد اسلامی، کازرون، ایران
2- گروه ژنتیک، واحد کازرون، دانشگاه آزاد اسلامی، کازرون، ایران ، mehdimoghani@yahoo.com |
|
|
چکیده: (1942 مشاهده) |
زمینه و هدف: در طول 15 سال گذشته، بینش قابل توجهی در مورد نقش miRNAها در سرطان حاصل شده است. در سرطانهای مختلف، miRNAها میتوانند به عنوان آنکوژن یا سرکوب کننده تومور عمل کنند و یا با تنظیم بیان ژنهای هدف متعدد، فرآیند متاستاز را کنترل نمایند. لذا هدف از این مطالعه شناسایی بیوانفورماتیکی شبکه تنظیمی mRNA-miRNA دخیل در تهاجم سرطان ریه بود.
روش بررسی: در این مطالعه تجربی که در سال1400 انجام شد پروفایل بیانی ژنهای بیماران مبتلا به سرطان ریه، از دادههای RNAseq موجود در پایگاه داده اطلس ژنوم سرطان (TCGA) با استفاده از پکیج TCGAbiolinks تهیه شد. mRNAها و miRNAها با بیان متفاوت با استفاده از پکیجهای edgeR و limma در نرمافزار R شناسایی شدند و در ادامه با کمک دو پایگاه TargetScan و miRWalk، اهداف آنها پیش بینی شد. متعاقباً، شبکه تنظیم‌کننده تعامل miRNA-mRNA با استفاده از نرمافزار Cytoscape به تصویر کشیده شد. دادههای جمع‌آوری شده با استفاده از آزمون‌های فرض چندگانه(Multiple hypothesis testing)و میزان کشف اشتباه (False Discovery Rate) تجزیه و تحلیل شدند.
یافته‌ها: نتایج بیوانفورماتیکی شناسایی شبکه تنظیمی miRNA-mRNA اختصاصی تهاجم سرطان ریه، نشان داد که شش miRNA هاب، شامل؛ hsa-let-7c-5p، hsa-let-7b-5p، hsa-let-7e-5p، hsa-miR-6838-5p، hsa-miR-320b و hsa-miR-4458تنظیم کننده ژنهای افزایش یافته در وضعیت تهاجم ریه و چهار miRNA هاب، تنظیم کننده ژنهای کاهش یافته در این وضعیت، شامل؛ hsa-miR-92a-3p، hsa-miR-204-5p، hsa-miR-24-3p و hsa-miR-506-3P میباشند.
نتیجهگیری: یافته‌های مطالعه حاضر نشان می‌دهد که یک شبکه miRNA-mRNA خاص با تهاجم سرطان ریه مرتبط است که این بینش جدید در مورد مکانیسم مولکولی تهاجم سرطان ریه به شناسایی بیومارکرهای مولکولی و اهداف درمانی برای این بدخیمی میانجامد.
miRNA-mRNA، |
|
| واژه‌های کلیدی: سرطان ریه، بیوانفورماتیک، شبکه تنظیمی |
|
|
متن کامل [PDF 1559 kb]
(1347 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
تخصصي
دریافت: 1400/11/2 | پذیرش: 1401/3/17 | انتشار: 1401/4/18
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
